Μέχρι τον μεσαίωνα, η τοποθεσία του χωριού ήταν περίπου 4 χλμ. ανατολικα, στη θέση Γούστιανη (ανεξερεύνητη αρχαιολογικώς). Το χωριό
Γούστιανη πρέπει να ήταν μια μεγάλη και πλούσια κωμόπολη. To όνομά της ίσως προέρχεται από το όνομα του Βυζαντινού αυτοκράτορα Ιουστινιανού! Έχουν βρεθεί αργυρά και χρυσά νομίσματα των Αλεξανδρινών χρόνων καθώς και επιγραφή που λέει
«Νικομάχας Λάμιος Καναίθου». Άγνωστο για ποιο λόγο το χωριό καταστράφηκε ή εγκαταλείφθηκε. Λέγεται ότι η αρχαία πόλη Γούστιανη πρέπει να καταστράφηκε ,όταν οι κάτοικοί της αποδεκατίστηκαν από τη φοβερή ασθένεια πανούκλα , που τα έτη 747-748 μ.Χ μεταδόθηκε από την Ιταλία στην Ελλάδα. Ίσως και να καταστράφηκε κατά τη διάρκεια των Σλαβικών επιδρομών και να ήταν αυτή η αιτία της επανίδρυσης του οικισμού σε νέα τοποθεσία, μιας και η Γούστιανη βρισκόταν χτισμένη σε δρόμο- άξονα για την εποχή εκείνη, και αυτό γιατί ανατολικά και σε μικρή απόσταση της Γούστιανης ρέει ο Εύηνος όπου υπηρχε χτισμένο τριπυλο τοξοτό γεφύρι (οι βάσεις του διακρίνονται ακόμη) γεγονός που βοηθούσε της συγκοινωνίες της εποχής.
Η Κυδωνιά ήταν από τα πιο ακμαία και νοικοκυρεμένα χωριά των Κραβάρων. Στην εποχή της ακμής της λειτουργούσαν τουλάχιστον επτά χαλκουργία (από εδώ και το παρατσούκλι «
κακαβάδες»). Σημαντικό δείγμα της τέχνης αυτής είναι το ασημένιο Δισκοπότηρο του Αϊ-Γιάννη, το οποίο είναι κατασκευασμένο στη Ζηλίστα το 1844 από τον τεχνίτη Ζωιτό Τράμπα. Είχε δε και αναπτυγμένη μεταξοτροφία , απομεινάρι της οποίας είναι οι πολλές γέρικες μουριές που υπάρχουν στο χωριό , όπου εμπορεύματά της έφταναν μέχρι και την Αλεξάνδρεια. Στους χρόνους της Τουρκοκρατίας είχε την έδρα της εκεί μικρή Στρατιωτική Διοίκηση.
Το χωριό καταστράφηκε τρεις φορές :
*Την πρώτη το 1770 με την επανάσταση του Ορλόφ. Ο αρματολός της Δωρίδας Λουρής και των Κραβάρων Σισμάνης φιλονικούσαν για το ποιος θα πάρει στο αρματολίκι του την Ζελίστα. Ο Σισμάνης βοηθούμενος από τους μισθοφόρους Τουρκαλβανούς νίκησε και σκότωσε τον Λούρη σε μάχη που έγινε στη Ζελίστα ( υπάρχει ακόμα τοπωνύμιο "στου Λουρίτσα τη Βρύση" ). Έπειτα δε οι Τουρκαλβανοί αφού ενώθηκαν με το μπουλούκι του Λούρη σκότωσαν τον Σισμάνη. Οι δε Σισμαναίοι κατέστρεψαν το χωριό για την βοήθεια που πρόσφεραν στο Λούρη.
*Αργότερα γύρω στα 1800, οι Σισμαναίοι που δεν ξέχασαν τα γεγονότα του 1770, κατέστρεψαν εκ νέου το χωριό. Ο Αλή Πασάς των Ιωαννίνων τους τιμώρησε παραδειγματικά. Το δημοτικό τραγούδι βάζει στο στόμα του Αλή τα λόγια «Γιαννάκη τι παλάβωσες και πήρε ο νούς σου αγέρα; Μου χάλασες τρία χωριά - τρία Κεφαλοχώρια – Γρανίτσα , το Τρανό χωριό, Ζελίστα ξακουσμένη».
*Η Τρίτη μεγάλη καταστροφή έγινε στις 23 και 24 Αυγούστου του 1847. Οι λόγοι; Πολιτικές αντιπαλότητες. Ο οπλαρχηγός Κραβάρων Ι. Φαρμάκης στασίασε κατά του Όθωνα. Η Κυβέρνηση του Ι. Κωλλέτη έστειλε εναντίον του τον Στρατηγό Ι. Μαμούρη, τον εκτελεστή του Οδυσσέα Ανδρούτσου. Ο Φαρμάκης με τους συντρόφους του, καταδιωκόμενος από τους τακτικούς και άτακτους του Μαμούρη, που έφθαναν περίπου τους 2000 άνδρες, οχυρώθηκε στη Ζελίστα. Μετά από ολιγοήμερη πολιορκία ξεγέλασε τον Μαμούρη, ξέφυγε από το χωριό και πήγε στην Σιτίστα (Γραμμένη Οξιά). Τα στίφη του Μαμούρη λεηλάτησαν και ισοπέδωσαν το χωριό(Ζελίστα).Μέχρι και τις στάχτες πήραν όπως αναφέρει ο Μακρυγιάννης. Η Κυβέρνηση του Όθωνα δεν δέχτηκε να βοηθήσει στην ανοικοδόμηση του χωριού γιατί οι κάτοικοί του δεν αντιστάθηκαν, αλλά βοήθησαν τον Φαρμάκη. Η καταστροφή του χωριού ήταν μια από τις αιτίες που ο Κων/νος Παπατράμπας ή Κωνσταντέλλος έγινε ληστής, επικηρυγμένος για 14.000 δραχμές. Η άλλη αιτία ήταν λόγοι τιμής με τον «ληστάκο» Λίσβα.
Μετά από 100 χρόνια το 1947 στην διάρκεια του εμφυλίου πολέμου η Κυδωνιά έπαθε μεγάλες καταστροφές. Ο κυβερνητικός στρατός έδωσε διαταγή να φύγουν όλοι οι κάτοικοι του χωριού για τα αστικά κέντρα όπως τη Ναύπακτο , το Μεσολόγγι , το Αίγιο ,το Τρίκορφο , την Μονή Βαρνάκοβας κ.ά .Έτσι μέσα σε λίγες ώρες καταστράφηκαν νοικοκυριά που συγκροτήθηκαν με τόσο μόχθο χρόνων και χρόνων . Στους τόπους της προσωρινής εγκατάστασης τους οι χωριανοί πέρασαν δύσκολες ώρες ,και ακόμα πιο δύσκολες ,όταν έληξε ο εμφύλιος πόλεμος και ήρθε η ώρα για τον επαναπατρισμό.
Στο χωριό γύρισαν αρκετοί χωριανοί , όπου με τον καιρό και μέσα από αγώνες και διεκδικήσεις κατάφεραν να αλλάξει προς το καλύτερο η ζωή τους . Η ξενιτιά βέβαια δεν έπαψε να υπάρχει .Κύριος προορισμός των Κυδωνιωτών ήταν το Λαύριο , όπου δούλευαν στα μεταλλεία .Μας άφησαν σαν τεκμήριο τα περίτεχνα μπρούτζινα μανουάλια στον Άγιο Νικόλαο με την επιγραφή
"ΔΩΡΕΑ ΤΩΝ ΕΝ ΛΑΥΡΙΟ ΕΡΓΑΖΟΜΕΝΩΝ 1910". Επίσης άντρες και γυναίκες αναζητούσαν μεροκάματο στην περιοχή του Αιγίου, στο Μωριά όπως ακόμη το αποκαλλούν, κυρίως για την εξοικονόμηση του λαδιού και κατά τους καλοκαιρινούς μήνες θέριζαν τον κάμπο της Λαμίας .
Οι κάτοικοι του χωριού ασχολούνται με την χαλκουργία, αλλά εκμεταλλευονται στο έπακρο ότι τους προσφέρει ο τοπος τους και ασχολούνται περισσότερο με τη γεωργία αλλά και την κτηνοτροφία. Εκμεταλλευόμενοι τη ροή του Ευηνου από την περιοχή τους, λειτουργούσαν τρεις νερόμυλοι, του Αντ.Τσάγκα, του Δημ.Αποστολόπουλου και ένας της εκκλησίας στη θέση "αρλογκά" που λειτουργούσε ο Μακρής.